Obtenida la población celular de las que queremos obtener su ADN toca ahora liberarlo del o de los recintos donde se encuentra.

El proceso comienza con la lisis celular (romperlas/deshacerlas). Requiere la ruptura de la membrana: basta con utilizar un medio hipotónico (la ósmosis revienta la célula). Al medio, se acostumbra a añadirle detergentes para solubilizar los lípidos y algún inhibidor de las nucleasas (enzimas rompedoras de ácidos nucleicos) para no dañarlos. En ocasiones también se añaden también sustancias que eliminen ya de entrada otras moléculas.

Posteriormente se realiza la obtención de las fracciones subcelulares normalmente por centrifugación diferencial: velocidades y tiempos crecientes. Los diferentes orgánulos se irán al sedimento del  fondo en función de su densidad. Inicialmente restos de células, núcleos y citoesqueleto; a más revoluciones y tiempo: mitocondrias, lisosomas y peroxisomas,…..pequeñas vesículas y microsomas,……ribosomas y grandes macromoléculas.

Para la obtención de ADN  y/o ARN existen una gran variedad de métodos, algunos a menudo ocultos bajo intereses comerciales y patentes. Con todo, un primer factor a considerar es la necesidad de separar y eliminar las demás biomoléculas que pudieran estar presentes en la muestra. Para ello, cualquier método debe basarse en las propiedades físico-químicas que hacen a los ácidos nucleicos y también entre ellos distintos de otras biomoléculas. Entre ellos cabe citar: degradación enzimática (uso de enzimas que rompen las moléculas indeseables respetando las que interesa): uso de proteasas, DNA-asas; RNA-asas o de inhibidores para evitar su acción. Uso de detergentes u otros productos (urea, cloruro de guanidinio,..) para desnaturalizar proteínas y retirarlas por precipitación.

La acción diferencial en medio alcalino del ADN con respecto al ARN: El ARN se hidroliza (se rompe), mientras que el ADN sólo se desnaturaliza pudiendo renaturalizarse posteriormente. Utilizar la diferencia en solubilidad entre el ADN, ARN y proteínas o la precipitación alcohólica por la escasa solubilidad en alcohol de los ácidos nucleicos.

El alcohol retira el agua que hidrata los grupos fosfato de los ácidos nucleicos y favorecen la unión de los cationes a los dichos grupos transformándose en moléculas neutras que pueden agregarse entre sí y precipitar. Esta maniobra acostumbra a ser la etapa final de la obtención del ADN ó ARN (que ya se habrían separado en una etapa anterior).