2.- LOCALIZAR SECUENCIAS PALINDROMO

En el ADN puede pasarnos desapercibidas las secuencias palíndromo, tanto los continuos como los interrumpidos.

Existe una forma (que puede informatizarse) para hacerlo fácil.

1.-En el ADN

Normalmente cuando nos ofrecen una secuencia de ADN, acostumbran a hacerlo ofreciéndonos la secuencia de una sola de las cadenas en dirección 5´a 3´ (rara vez al contrario). Si ésta es larga lo hacen separando de 10 en 10 nucleótidos.

Ej. Secuencia corta:  5´…GTAAGCTTATG…. 3´.

Ej. Secuencia larga: 5´…… TGAATGATGG  ATGGCATGCT  AAGCCCTAAG  TATAGCTGAT  CGCGCTCTAT …… 3´

Tanto en un caso como en el otro, para localizar las secuencias palíndromo,  es necesario  escribir la secuencia de la hebra complementaria en  dirección 5´a 3´, y superponerla a la secuencia dada.

1.- Pongo un ejemplo de  secuencia corta, pero igualmente deberíamos hacerlo con la más larga, sin dejar los espacios entre los grupos de 10:

La complementaria en su misma dirección se obtendría partiendo del último nucleótido de esa secuencia dada y poniendo el complementario en primer lugar. Ultimo con primero (asignándole la posición correspondiente a la secuencia original), penúltimo con segundo, antepenúltimo con tercer y así sucesivamente… Así construimos la secuencia complementaria en la misma dirección que la primera ( de 5´a 3´), tal como mostramos en la imágen adjunta a continuación.

…….y así sucesivamente

La hebra complementaria a su misma dirección quedariá del siguiente modo:

Se trata ahora de superponer ambas secuencias y comprobamos

Si existe coincidencia en varias (2 o más) de las posiciones seguidas habrá una secuencia palíndromo. Vemos que, en este caso,  hay una repetición de 4 nucleótidos iguales en ambas y abarca el mismo intervalo de posiciones de la secuencia de ADN. Es una secuencia palíndromo continuo de 4 nucleótidos en posición de 5ª a 8ª posición.

2.- Otro ejemplo:

Su complementaria en la misma dirección:

Al superponerlas:Vemos que coinciden 2 tramos separados por un tramo no coincidente. Se trata de un solo palíndromo interrumpido ya que ambos son complementarios y, además en este caso coincidentes,  en la secuencia de los 2 tramos. Si fuesen secuencias diferentes o no complementarios serían 2 palíndromos continuos diferentes. Se observa que hay coincidencia de secuencia y también de los intervalos de ambos tramos. Se trataría de un palíndromo interrumpido, ya que la 2ª es complementaria simétrica a la primera, aunque ambas coinciden pero no tiene por qué suceder esa igualdad. Si no fuesen complementarias, se trataría de 2 palíndromos continuos diferentes.

3.- En ocasiones , las secuencias palíndromo no coinciden exactamente al superponerlas, pero sí se corresponden las posiciones  de los nucleótidos de ambas cadenas.

Por ejemplo:

Se observa  que en el ADN de doble cadena es condición necesaria la coincidencia en las posiciones de los tramos palíndromo. En el caso de este ejemplo, se trataría de un palíndromo interrumpido ya que es segundo tramo es simétricamente complementario al primero. Si eso no sucediese, serían 2 tramos palíndromo continuos diferentes.

Como vemos, y en conclusión, se trata de realizar ese sencillo «truco» para localizarlas. ¡Fácil!