En el ADN de una sola cadena y también en el ARN también existen secuencias palindrómicas

En este caso, la situación es un poco más compleja, sobre todo porque los palíndromos acostumbran a ser interrumpidos en la mayoría de los casos y, además, sus posiciones pueden estar muy alejadas unos de otros. De todas formas,  la estrategia indicada en el post del blog anterior  nos vale igualmente para localizarlos.

Igualmente pasaríamos a realizar la misma operación inicial: la de elaborar la secuencia complementaria a la secuencia dada .

Secuencia original en sus posiciones (5´a 3´)

Elaboramos la secuencia complementaria con sus posiciones (5´a 3´)

Superponemos ambas secuencias

Al ver las coincidencias de secuencias, nos damos cuenta de que también se trata de una secuencia palíndromo interrumpido de 5 y 5 pares de bases separado por otra secuencia intermedia de 7 nucleótidos.

Al ser una secuencia monocatenaria (la secuencia original) será ésta únicamente la que tendremos en cuenta y según el modo anterior habremos localizado la existencia de una secuencia palíndromo interrumpido en ella, y la posibilidad de que en esa cadena se forme un bucle de hibridación entre ambas partes de la cadena, dejando una «cabeza » de 7 nucleótidos sin hibridar..

Veamos, a continuación un ejemplo de la existencia de palíndromos en la secuencia de una molécula de ARNt  (77 nucleotidos en color rojo) dónde ya hemos  colocado la secuencia de la hebra complementaria en color azul y también las coincidencias de secuencias que, como observamos no coinciden en sus posiciones como en el ADN de doble cadena.

Las coincidencias encuadradas en gris. Se trata de ver las secuencias palíndromo interrumpidos  en la secuencia original (ej: GAGGG y CCCUC) y otras. Hibridarán entre ellas, y así ir deduciendo la estructura del  ARNt.

En gris más claro, secuencias idénticas en ambas hebras (secuencia AGCU) que no tiene en la misma cadena otra complementaria (tener en cuenta que sólo consideramos la cadena monocatenaria de ARN). . Podría ser –por su estructura- un pequeño palíndromo continuo. Pero no un palíndromo interrumpido. Todas las demás son interrumpidas (01-07) con (67-73); (10-12) con (24-26); (28-32) con (40-44) y (50-54) con (62-66).

Veamos ahora –localizados las secuencias palíndromo-  cómo convertir la estructura lineal inicial con la que tendría realmente si esos tramos hibridaran entre sí. Teniendo en cuenta que la secuencia del ARNt es de una sola hebra (la expresada en rojo, ya que la otra sólo nos ha servido para encontrar los palíndromos).

Empezamos por aquellos palíndromos más próximos, y el nº de nucleótidos de la secuencia ya que la proximidad facilitará la hibridación entre ellos y también la «fuerza» de unión posible:

Veamos la proximidad entre los encontrados:

1.- 01-07 con 67-73 ;  60 nucleótidos de  diferencia lineal y 7 emparejamiemtos de hibridación posibles intracatenarios.

2.-10-12 con 24-26 ;  12 de diferencia lineal  y 3 emparejamientos posibles de hibridación intracatenarios.

3.-28-32 con 40-44 ;  8 de diferencia lineal y 5 emparejamientos posibles de hibridación intracatenarios.

4.- 50-54 con  62-66 ;  8 de de diferencia lineal  y 5 emparejamientos de hibridación intracatenarios)

Conclusiones:

  1. a) La proximidad y el nº de emparejamientos posibles hará que la molécula de ARN -inicialmente lineal- forme inicialmente un bucle de hibridación : 28-32 con 40-44 y que ésta nueva estructura aproxime a otras secuencias palíndromo complementarias para que sea posible una segunda hibridación y sucesivamente.
  2. b) La nueva forma adoptada, después de la primera hibridación,  producirá la hibridación entre 50-54 con 62-66
  3. c) Seguirá la hibridación intracatenaria entre las posiciones 10-12 con 24-26
  4. d) Finalmente las posiciones 01-07 terminarán hibridando con 67-73

TODO ELLO PRODUCIRÁ LA ESTRUCTURA DEL ARNt,  representada en la imagen destacada de este post y en la que puede observarse (rodeadas de un circulo) las 4 hibridaciones intracatenarias de las secuencias palíndromo indicadas.