Imagínese vd. que nos piden que escribamos la secuencia de un palíndromo cualquiera del ADN, por ejemplo de 16 pares de bases, 20,40,…. Posiblemente quedará perplejo, no sabiendo cómo empezar. Aquí vamos a describir una forma sencilla de hacerlo.
En diferentes post anteriores de este mismo blog (Secuencias del ADN: palíndromos 1,2,3 y Matemáticas y ADN 2,3 y 4) nos hemos ocupado de diferentes aspectos de dichas secuencias. En este post y posteriores, vamos a intentar explicar 2 aspectos más ,aunque ya esbozados en los mencionados post anteriores: el primer aspecto del que nos ocuparemos en este post es
1.- Cómo podemos construir o elaborar sobre el papel una secuencia palíndromo, sea ésta continua o interrumpida.
2.- El segundo , del que trataremos en posteriores entradas, es: cómo localizar en una secuencia o fragmento de cualquier ácido nucleico la existencia de secuencias palíndromo tanto continuos como interrumpidos.
1.-CONSTRUCCIÓN (Elaboración)
1.a.- Pongamos un ejemplo de palíndromo continuo de 8 nucleótidos. Empezamos por su mitad: los 4 primeros colocándolos por el orden que nos dé la gana (o sea, al azar).
Y continuamos colocando los nucleótidos complementarios y simétricamente a los de las 4 primeras posiciones. (4ª con 5ª; 3ª con 6ª; 2ª con 7ª y 1ª con 8ª), tal como se indica en la imágen destacada de este post.
En la hebra complementaria a ésta y en su dirección 5´a 3´, la secuencia sería igual a la que hemos elaborado: que es lo que caracteriza a una secuencia palíndromo.
Vemos que en la otra hebra en dirección 5´a 3´coincide con la primera en todas sus posiciones
Otra conclusión que podemos obtener es que en los palíndromos continuos el nº de nucleótidos de su secuencia tiene que ser un número par, ya que repite una parte y otra del mismo tamaño. (Al multiplicar por 2, siempre el resultado es un nº par)
Como el nº de combinaciones posibles de los 4 primeros puede ser cualquiera, tendremos 44 = 256 posibles secuencias palíndromo de tamaño 8. Los 4 siguientes, hasta completar los 8, sólo pueden ser una sola combinación dependiente de la sección de los primeros 4.
1.b.- Para palíndromos discontinuos o interrumpidos, procedemos del mismo modo, pero dejando en el medio una secuencia del nº de nucleótidos que queramos, pero teniendo en cuenta que tenemos que impedir alargar el palíndromo si colocamos los mismos nucleótidos en las posiciones adyacentes a la secuencia. Una forma de que esto no ocurra es la de colocar adyacente a la parte primera A ó T y adyacente a la segunda parte G ó C. De este modo nunca alargaremos el palíndromo.
Como en el caso siguiente en el que la secuencia del palíndromo interrumpido se encuentra con fondo gris.
En este caso, al no tener en cuenta lo anteriormente expuesto, hemos alargado el palíndromo.
En este caso, el palíndromo interrumpido de 8 pares de bases (4 y 4) se convierte en otro de 10 pares de bases (5 y 5).
Así, si queremos un palíndromo interrumpido de 8 unidades separado por una secuencia de 5, éste podría ser uno de ellos. Basta con colocar adyacentes a la secuencia 1 par de bases diferentes entre sí (color azul).
O cualquier otro en que los nucleótidos adyacentes al palíndromo no fuesen complementariamente simétricos.
Sirviéndonos de los ejemplos expuestos, podremos representar cualquier secuencia palíndromo (continuos o interrumpidos), con el nº de pares de bases que nos soliciten.
