Monthly Archives: enero 2018

31
enero

Control de la expresión génica (III)

Fuente: Imagen Google

 

A nivel de la traducción (formación de la cadena polipeptídica) también existen mecanismos de regulación. En este caso, ya no actúa el ADN que constituye los genes y por eso hablamos de mecanismos que actúan después. El proceso de traducción se produce fuera del nucleo celular en eucariotas. En procariotas, al carecer de nucleo, en el propio hialoplasma de la célula y, además, la transcripción y traducción acostumbran a ser procesos simultáneos. Se traduce al mismo tiempo que se va transcribiendo. En ambos tipos celulares son los ribosomas las “máquinas” que ejecutan dicho proceso.

Hemos mencionado en el artículo anterior la ribointerferencia (ARNi) como uno de estos procesos que impiden la traducción. También existe la acción del propio ARNm que puede actuar como ribointerruptor en el que determinadas secuencias del mismo regulan su propia expresión bien al final de la transcripción o en su proceso de maduración o también en su traducción. Normalmente se produce como consecuencia de la unión a dichas secuencias del ARNm de un metabolito (ligando) que provoca un cambio conformocional del mensajero que provoca una acción sobre la traducción del mismo.

La regulación de la traducción se ejerce fundamentalmente en su iniciación. Ésta es su etapa limitante. Se regula por la formación del complejo de iniciación ribosómico , la actividad de los factores de inicio eIF-2 y eIF-4 y por la influencia de estructuras secundarias en el ARNm.

Por último hay que subrayar que el polipéptido formado como consecuencia del proceso de traducción sufre una serie de modificaciones post-traducionales, algunas de ellas cuando todavía no se ha terminado de formar la totalidad del polipéptido (co-traduccionales). Podemos señalar algunas de ellas: unión de sustituyentes de determinados aminoácidos (acetilación, carboxilación, fosforilación, hidoxilación, Metilación); modificación con lípidos, incorporación de glúcidos,…; así como, en ciertos casos, la rotura del polipéptido formado para la formación de enzimas (ej: tripsina) u hormonas activas (ej: insulina). Todos estos procesos de modificación están regulados por enzimas y cofactores específicos.

Cabe señalar para finalizar –junto con el apartado anterior-  el control del mecanismo del plegamiento del polipéptido o proteína formada, que debe adquirir una conformación tridimensional concreta entre muchas posibles para que sea funcional. Este proceso está controlado por unas proteínas, denominadas carabinas o chaperonas, que mediante la adhesión al polipéptido, de algún modo, le fuerzan a conformarse tridimensionalmente en la forma adecuada.

Indicamos con un ejemplo las consecuencias de un plegamiento anómalo:  la enfermedad de las vacas locas (enfermedad de Creutzfeld –Jacob), fruto  de que la proteína priónica  (PrP) no presenta la conformación adecuada.

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29
enero

Control de la expresión génica (II)

(Fuente: Imagen Google)

Un segundo nivel de control de la expresión génica son aquellos que afectan de modo directo a los procesos de transcripción del ADN. Los consideramos como aquellos mecanismos que actúan durante la expresión génica; es decir en el proceso del traslado de  la información del ADN al ARN.

En el proceso de transcripción – conciertas diferencias entre procariotas y eucariotas- existen factores reguladores  de carácter genético ya que están involucradas otras secuencias del propio ADN: las propias secuencias promotoras de los genes (basal, proximal y distal), denominados factores que actúan en “cis” para diferenciarlos de otros factores proteicos, los denominados factores de transcripción (factores que actúan en “trans”) cuyos genes se encuentran alejados de esta región. Son genes cuyas proteínas  normalmente sirven de unión al ADN en las regiones promotoras (basal, proximal y distal) para formar, junto con la ARN polimerasa, el complejo de inicio de la transcripción facilitando el posicionamiento del complejo proteico y llevarla a cabo. Existe toda una gran familia de factores de transcripción (TF) según el tipo de gen a transcribir (para los ARNr, ARNt, o ARNm; es decir, para los genes constitutivos o de mantenimiento);  incluso otros que actúan sobre genes inducibles (llamados también regulables o de expresión diferencial), que habitualmente lo hacen sobre las regiones promotoras distales al gen, tanto para favorecer como para impedir la transcripción.

Mencionaremos muy brevemente el control post-transcripcional o procesamiento del ARNm transcrito primario. Éste sufre una serie de modificaciones previamente a su salida del núcleo celular para formar el ARN maduro funcional (salvo en procariotas que carecen de este proceso de maduración). Todo un conjunto de factores en función de cada tipo de gen, actúan regulando este proceso.

Conviene detenerse, no obstante en esta fase, en un elemento de control que posteriormente actuará controlando la traducción a proteínas . Se trata de los ARNi (ARN interferencia) que se transcriben inicialmente en Micro ARN (pri-Mic-ARN): éste sufre un pequeño procesamiento en el núcleo  (pre-mic-ARN) antes de salir al citoplasma. En el citosol sufre un segundo procesamiento y se asocia a un complejo proteico cuya acción es la de formar por complementariedad de bases  una doble cadena con parte de un ARNm específico para unirse a él, formando un ARN de doble cadena e impedir de ese modo la acción del mecanismo de traducción. Ese ARNm no formará su proteína (polipéptido) o dejará de hacerlo.

Se ha descubierto también otra función de estos micro-ARNs cuando todavía se encuentran en el interior del núcleo celular. Actúan sobre la región promotora de un gen remodelando su fibra cromatínica , ejerciendo, por tanto una regulación pre-transcripcional de represión de la transcripción.

Existen otros mecanismos de control específicos estudiados  para determinados genes inducibles. En algunos de ellos el control se realiza por modificar o no la accesibilidad del ARNm; en otros ejerciendo un control sobre la vida media del mensajero y, por tanto la cantidad de proteína producida. También el control puede realizarse sobre la formación del complejo de iniciación. Se controla bajo la presencia/ausencia de un determinado metabolito celular.

Otra forma de control de la expresión de los genes hace referencia a la cantidad de proteína requerida que, habitualmente se controla con la vida media del ARNm. Si el ARNm tarda en degradarse, actuaría excesivamente y el gen se sobre-expresaría traduciéndose en demasía  y si se degrada con rapidez, apenas se traduciría en proteínas.

Existen diferentes formas de regular esa vida media. Es un proceso que se realiza continuamente en la célula y en el que participan ribonucleasas celulares específicas: endo y exonucleasas,  que,  en función del tipo de gen, su acción es favorecida o impedida por otros mecanismos que podemos resumir en mecanismos constitutivos del propio ARNm, como es el hecho bioquímico de la caperuza en el extremo 5´y la poliadenilización de su extremo 3´ (cola poliA). También se controla por proteínas específicas que se unen al ARNm protegiéndole de su degradación o permitiéndola.

 

 

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26
enero

Control de la expresión génica (I)

Factores externos influyen en la expresión de los genes de nuestro genoma (Fuente: Imagen Google)

El hecho de que todas las células posean la totalidad del genoma de un ser vivo, no quiere decir que sus genes se expresen por igual en ellas, ya que cada tipo celular tiene una fisiología propia y específica correspondiente al tejido y órgano al que pertenece y por eso existen una serie de mecanismos que facilitan o reprimen la expresión de los genes. Esto supone que la expresión de los genes es diferencial: unos se expresan en unas células que en otras no se expresan y al revés. Es cierto, sin embargo, que determinados genes; los genes denominados constitutivos, -aquellos necesarios para las funciones básicas y comunes a todas ellas- se expresan igualmente en todas.

Estos mecanismos actúan en diferentes fases del proceso de expresión y, algunos de ellos pueden estar influídos por factores externos: alimentación, contaminación, hábitos de vida, etc. . Los mecanismos celulares de la expresión génica los podemos considerar como previos, simultáneos y posteriores que se corresponden respectivamente con los 3 post con los que desarrollamos este tema.

Existen diferentes mecanismos que explican esta expresión diferencial  y, posiblemente, la investigación encontrará más o matizará con mayor profundidad  la acción de los que ya se conocen. En este artículo vamos a centrarnos en los mecanismos epigenéticos.Podemos considerarlos como mecanismos que actúan antes de la puesta en marcha de la expresión de los genes.

La epigenética estudia el conjunto de factores -muchos de ellos externos- que, sin alterar las secuencias del ADN, regulan la expresión de sus genes.

En primer lugar tenemos los factores epigenéticos que podemos definir como estructurales. Tienen que ver con la estructura del ADN, más concretamente, con la disposición espacial del mismo en el núcleo celular que impiden que determinadas secuencias del genoma sean inaccesibles para la maquinaria de transcripción y consecuentemente los genes contenidos en esas secuencias no pueden expresarse. Parece ser que la cromatina (ADN +nucleosomas), se encuentra organizada de diferente modo en el núcleo de cada tipo celular, muy “apelotonada” en unos tramos y más suelta en otros. Los tramos apelotonados constituiría lo que denominamos heterocromatina y los genes que contuviera serían inaccesibles a su transcripción. Las secuencias más o menos apelotonadas no tiene que corresponderse con la totalidad del ADN de un cromosoma. Determinados tramos, no necesariamente continuos, de un cromosoma concreto serían accesibles y otros no, ya que la estructura cromatínica puede perfectamente doblarse y plegarse en todas direcciones .

Sería la eucromatina, más suelta y accesible la que podría transcribir los genes contenidos en ella. Es posible que este primer control estructural de la expresión génica esté determinado por factores del entorno celular, siendo  la comunicación química intercelular quien lo determine en gran medida.

Un segundo nivel estructural sería la acetilación de las histonas, componentes de los nucleosomas en los que se enrolla el ADN en primera instancia, formando la estructura de la cromatina. Los nucleosomas acetilados hacen que las uniones entre histonas y ADN para el enrollamiento del ADN en ellos se debiliten y, de este modo el ADN pueda desenrollarse con más facilidad quedando accesible para que pueda realizarse su transcripción. Los nucleosomas desacetilados impiden la expresión de los genes, al estar  la fibra de ADN más firmemente enrollada  en el nucleosoma y no poder desplegarse.

Las células adultas poseen un patrón de acetilación específico -según tejido- que las especializa;  y, si todavía pueden dividirse por mitosis, deshacen este patrón para replicar el ADN y lo vuelven a reproducir en las células hijas, sin que sepamos, por el momento, el mecanismo que produce ese recuerdo. Muy posiblemente este mecanismo esté relacionado con la potencialidad celular de los diferentes tipos de células madre (células troncales), y, por lo que sabemos,  posiblemente sean algunos genes de su propio ADN los encargados de poner en funcionamiento este mecanismo de acetilación-desacetilación de histonas.

También en los nucleosomas se puede producir la metilación de Histonas. Está estudiado el caso de la metilación de las Lisinas 4, 17 y 36 de la Histona 3 del nucleosoma que activa la transcripción, y la metilación de las lisinas 9 y 27 la reprimen. Además se ha observado otras modificaciones en las histonas menos frecuentes con papel  no tan claramente definido.

Otro de los factores epigenéticos que afectan a la expresión de los genes es la metilación del propio ADN, concretamente la metilación de su base Citosina (en el carbono 5 de su anillo pirimidínico; convirtiéndose en 5-Metil Citosina).Las metilaciones producen 2 efectos: por un lado impiden la unión de factores de transcripción en las secuencias promotoras, anulando la transcripción; y por otro lado, cuando se producen en regiones CpG (tramos de ADN donde  el  par G-C es muy abundante), el ADN adopta una conformación tridimensional cerrada (herterocromatina) que anula su acceso para realizar la transcripción. Los tramos hipometilados de ADN se transcriben y los hipermetilados, no. Los tramos metilados de ADN obedecen a un patrón de metilación según el tipo celular. Si ésta se divide, se desmetilan para la replicación , pero vuelven de nuevo a metilarse según el patrón heredado, generando células clonales de patrón de metilación. Cuando, por cualquier circunstancia, se produce una desmetilación en ese patrón, dichas células entran en un proceso neoplásico que resulta proporcional a la gravedad de la enfermedad que producen.

 

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10
enero

Matemáticas y ADN (8)

Geometria

La forma geométrica más habitual del ADN (B-ADN) es el de una doble espiral cilíndrica dextrógira.

Los valores concretos de sus dimensiones geométricas varían según el texto que consultemos aunque en unos márgenes relativamente estrechos. Las dimensiones que definen esa doble espiral y que nosotros vamos a tomar son:

1.-Vuelta de hélice (3,4 nm);

2.- Diámetro o ancho de la molécula (2,1 nm);

3.- Número de pares de bases por vuelta de hélice (10);

4.- Surco menor (1,3 nm)

5.- Surco mayor (2,1nm).

Veamos las conclusiones geométricas que podemos deducir de todos ellos.

1.- Angulo pendiente de las espirales en su trazado sobre la superficie cilíndrica que envuelve al ADN.

Tomando 2 datos:

Diámetro del cilindro por el que discurren las espirales es de 2,1nm y la vuelta de hélice (cuando cualquiera de las 2 hebras realiza un giro completo de 360º) es de 3,4 nm.

– si desenrollamos el cilindro en una vuelta de cualquiera de las hélices, el trazado de la hélice sería como el de la figura siguiente:

Con este desarrollo podemos calcular el ángulo pendiente de cada hélice que podemos llamar ángulo de elevación en cualquiera de sus puntos (el mismo en la otra espiral ya que se disponen paralelas entre sí),  ya que su tangente = 3,4/6,59 = 0,5154.

El valor de un ángulo cuya tangente es 0,5154  –consultado en unas tablas de valores de tangentes de ángulos- se corresponde con un ángulo entre 27 y 28º. Tomamos el valor de 27,5º.

Conocemos por tanto el grado de la elevación geométrica de cualquiera de las espirales que forman la estructura básica del ADN.

2.- Se trata ahora de determinar la separación entre ambas espirales.

Sabemos que son paralelas en el trazado (antiparalelas en cuanto a la disposición de sus componentes químicos), pero desconocemos cuánto se separan. Podemos averiguarlo geométricamente. En los gráficos que exponemos a continuación figuran algunos de los posibles trazados de ambas espirales, ambas desenrrolladas sobre la superficie cilíndrica, como en el caso anterior (más o menos juntas). No obstante, debemos elegir aquél cuya distancia vertical entre uno y otro se corresponda con la del Surco menor– distancia que separa las hélices en zonas complementarias-  que es otra característica importante en la estructura de la doble espiral del ADN y que debe ser igual a 1,3 nm.

En los gráficos anteriores, puede observarse que si la separación en vertical (surco menor) tiene que ser de 1,3 nm, dicha separación supone que tiene que existir una distancia en horizontal  (reflejada por las líneas rojas en el desarrollo de la circunferencia del cilindro que comprende las 2 espirales)  también concreta, que podemos calcular por el mismo método utilizado anteriormente.

Así, la tangente del ángulo, que conocemos, será igual a 1,3 dividido por la distancia de separación en la horizontal (despliegue de la circunferencia cilíndrica), representada por la línea de color rojo.

0, 5154 = 1,3nm/x ; x = 1,3nm/0,5154 =  2,5223 nm

Este valor se corresponde con el valor del arco de la circunferencia cilíndrica que separa en todos los puntos de la superficie cilíndrica las dos espirales del ADN a la misma altura.

El valor en grados de ese arco (cerrada la molécula), también podemos calcularlo por una sencilla regla de tres: si los 360º (circunferencia completa) tiene una longitud de π. 2,1nm = 6,597nm; a un arco de 2,5223nm, le corresponderán “x” grados. Así,  “x” = 2,5223 x 360/6,597 = 137,64 º.

Arco de separación de las espirales (1 – 1´) = 137,6º (separación)

 

 

Las 2 espirales del ADN mantendrán en el mismo nivel de su trazado la misma separación 137,6 º a todo lo largo de  su recorrido por la superficie cilíndrica ya que tienen trazado paralelo.

4.- Por otro lado sabemos que por cada vuelta de hélice hay 10 pares de bases. Los pares de bases son la conexión horizontal entre las 2 hélices (se corresponderían con el punto de arranque de los pares de bases que conectan una espiral con la otra: A-T y G-C). Los puntos de conexión reflejados en la figura anterior se repetirán, por tanto, cada vez que el trazado de ambas asciende (también en sentido descendente) 36º, ya que en 360º debe haber 10 conexiones completando la vuelta completa.

Este sería el aspecto geométrico de la molécula de ADN cuando observamos el interior del cilindro en cada vuelta de hélice y volvería a repetirse vuelta tras vuelta puesto que cada  36 º vuelven a coincidir los puntos. Si bien, como las bases que unen una espiral con la otra no son líneas, (como en el gráfico) sino que se extienden con sus superficies y volúmenes correspondientes, este aspecto geométrico quedaría enmascarado.

5.- El surco mayor se correspondería con la distancia vertical entre una espiral y su inmediata complementaria, pero no a la misma altura, sino sobre el trazado en la superficie cilíndrica con la inmediata complementaria superior.

Sería =  valor de la vuelta de hélice – valor del surco menor = 3, 4 – 1,3 = 2,1 nm

6.-Conclusiones.

-Con todos estos valores definimos geométricamente todos los parámetros que caracterizan la estructura tridimensional más común del ADN. La estructura B-ADN.

– Como aspecto anecdótico (¿ó no?) cabe resaltar que B-ADN presenta un conjunto de proporciones aúreas,  o “divinas proporciones”, a las que también se conoce en geometría como “el número de oro”, simbolizado por la letra griega fí (ɸ).

– 1ª. Proporción entre  vuelta de hélice/diámetro de la Base= ɸ

– 2ª. Proporción  entre vuelta de hélice/ surco mayor = ɸ

– 3ª. Proporción surco mayor/ surco menor =ɸ

– 4ª. Proporción arco circunferencia surco mayor/ arco surco menor = ɸ

(tanto si lo medimos en distancia como en grados)

-5ª. Proporción entre valor circunferencia/ arco surco mayor = ɸ

(tanto en distancia como en grados)

Por otro lado:

-Uniendo los puntos 1,2,3….10 del gráfico anterior obtenemos un decágono regular, e igualmente si unimos los puntos 1´, 2´, 3´´,…10´. También el decágono presenta proporciones aúreas: si dividimos el valor del radio de la circunferencia que lo circunscribe, es decir, (1,05 nm: mitad del diámetro de la base= radio) por el valor del lado del decágono (x) ; Así 1,61 (valor de fí) = 1,05/x; x =1,05/1,61 = 0,65 nm, que sería la distancia proyectada en la base que separa los puntos de arranque de 2 pares de bases consecutivas.

-las lineas de los trazados entre bases entre  una y otra de las espirales determinan la formación de un espacio interior que tiene forma de decágono regular. También en este otro decágono se cumple la misma condición anterior.

Como puede comprobarse el ADN, base de la vida, tiene una geometría llena de oro.

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